Ключевые задачи подразделений по контролю за оборотом наркотиков традиционны для ведомства: пресечение деятельности преступных групп и сообществ; перекрытие контрабандных каналов поступления наркотиков в страну, уничтожение инфраструктуры их нелегального производства, борьба с легализацией доходов, полученных от наркобизнеса. Однако, появились и новые направления работы – контроль за деятельностью юридических лиц и предпринимателей с целью недопущения поступления наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров из легального в незаконный оборот, а также организация профилактики наркопотребления.